Aastate jooksul elluviidud projektid on jaotatud 5 alloleva teema vahel:

Piiriülene- ja arengukoostöö
Keskkonnateadlikkuse tõstmine
Kogukonna areng ja loomemajandus
Veemajandusprojektide juhtimine
Üldsuse kaasamine veemajandusse

Piiriülene koostöö

• Avalikkuse kaasamise edendamine Moldovas ja Ukrainas (2008-2010)
  
  
• Peipsi Foorum VII (2009)
  
  
• Rahvusvaheline seminar "Kõrghariduse piiriülene koostöö Läänemere piirkonnas" (2009)
  
• Eesti-Vene koostööprojekt PeipsiMan (2007-2009)
  
  
• Peipsi Foorum VI (2008)
  
  
• WaterPub (2008)
  
  
• Piiriülese koostöö konverents ja suvekool (2008)
  
  
• Eesti-Vene koostöö ümarlaud (2007)
  
  
• CBC suvekool (2007)
  
  
• BEN - Balti Euroregioonide võrgustik (2005-2007)
  
  
• Eesti-Vene piiriülese koostöö ümarlaud 2006
  
  
• Koostöö toetamise Kasahstani ja Kõrgõzstani piiriveekogudel (2006)
  
   
• Piiriülese koostöö alane suvekool 2006
  
  
• Piirialade uuringuprojekt EXLINEA (2003-2006)
  
  
• Piiriülese koostöö alane suvekool 2005
  
  
• Konverents “Euroopa Naabruspoliitika: kas müür või sild?” (2004)
  
  
• Peipsi Foorum IV (2004)
  
  
• Piiriülese koostöö edendamine Balti riikides: suvekool,  infolist, brošüür (2004)
  
  
• Peipsi Foorum III (2003)
  
  
• Eesti-Vene piiriregiooni koolide koostöö Euroopa Liidu laienemise valguses (2002)
  
  
• Tour de EL-EST-RUS 2002 - Eesti-Vene piiriregiooni integratsioon Euroopa Liidu raamistikus (2002)
  
  
• Petseri, Räpina ja Värska koolide koostööprojekt "Tunne oma naabreid" (2002)
  
  
• Suurte järvede koolide koostööprojekt (2001-2002)
  
  
• Peipsiäärse piirkonna kohalike omavalitsuste euroteadlikkuse tõstmine (2001)
  
  
• Regiooni areng ja piiriülene koostöö Eesti-Vene piirialal (2001)
  
  
• Piirialad Üleminekuperioodil V (BRIT V) (2001)
  
  
• Rahvustevaheline dialoog regionaalses kontekstis (2001)
  
  
• MacArthuri piiriuuringute projekt (2000)

Keskkonnateadlikkuse tõstmine

• AQUAMAX - Jätkusuutlikud veesöödad muutmaks kalakasvatuses kasvatatud kala tarbimine tervisele maksimaalselt kasulikuks (2006-2010)
  
  
• Teaduspäevad parimatele noorgeograafidele ja nende juhendajatele 2010 (2010)
  
  
• Teaduspäevad noorgeograafidele ja nende juhendajatele (2009)
  
  
• Konnapilgul mööda Emajõge (2008)
  
  
• Keskkonnakuu korraldamine Luunja keskkoolis (2008)
  
  
• Ülemaailmsete keskkonnapäevade tähistamine Tartumaa koolides (2007-2008)
  
  
• Peipsi järve elu toa taastamine (2007-2008)
  
  
• Avalikkuse kaasamise lühiväljaanne kohalikele omavalitsustele (2007-2008)
  
  
• Living Lakes Ida-Euroopa - Saksa võrgustik (2006-2008)
  
  
• Gloobuse konkurss ja Maa päeva tähistamine (2007)
  
  
• Säästva tarbimise koolitus noortele (2007)
  
  
• Loodusturismi koolitused ettevõtjatele (2006-2007)
  
  
• Looduse õppimine (2006-2007) 
  
  
• BIRD projekt (2004-2007)
  
  
• Lasteloomingu konkurss "Vetevald läbi laste silmade" (2000-2006)

Kogukonna areng ja loomemajandus

• Kogukonna toetamine kultuuripärandi säilitamise kaudu Peipsi ja Võrtsjärve piirkonnas (2008-2010)
  
  
• Kogukonna toetamine kultuuripärandi säilitamise kaudu (2009)
  
  
• Rahvusvaheline seminar loomemajandusest (2008)
  
  
• Eesti keele õppelaager Paldiski ja Mustvee noortele (2007-2008)
  
  
• Keeleõppe- ja loodusvaatluslaager (2007)
  
  
• Uuring "Majanduslik ja sotsiaalne olukord kalandusega seotud rannapiirkondades" (2005)
  
  
• Narva e-kogukond (2002-2005)
  
  
• Peipsi Veetee (2005)
  
• Peipsi Nõukogu
  
  
• Väiketoetused (2003-2005)
  
  
• Eestis elavate vene- ja eestikeelsete noorte integratsioonile kaasaaitamine (2004)
  
  
• Turismiarendusprojekt "Peipsi - järv, mis ühendab Venemaad ja Eestit" (2003 - 2004)
  
  
• MTÜ Tugikeskus (2000 - 2004)
  
  
• Narva naisorganisatsioonide suutlikkuse tõstmine (2002)
  
  
• Peipsi piirkonna turismialase koostöövõrgustiku arendamine (2002)
  
  
• Peipsi äärsete valdade sotsioloogiline uurimus (2001)
  
  
• Maanaiste sotsiaalne ja majanduslik areng Peipsi järve piirkonnas (2001)
  
  
• Kohaliku säästva arengu projektid Mustvees ja Kallastel (2000)
  
  
• EL-alase teadlikkuse ja informatsiooni käesaadavuse parandamine maanoorte hulgas - piirkondliku arengu võti (2000)
  
  
• Mitte-eesti lapsed eesti tugiperedes (1998-2000)
  
  
• Keeleõpe eesti peredes (1997-2000)

Veemajandusprojektide juhtimine

• Piiriülese koostöö toetamine Dnestri jõe haldamisel (2007)

• NeWater (2007)

• UNDP/GEF Peipsi järve veemajandusprogrammi väljatöötamine ja rakendamine (2003-2005)

• Koostöö toetamine Kasahstani ja Kõrgõzstan piiriveekogudel (2003 - 2004)
  

• Keskkonnauuring MANTRA-East (2001 - 2003)
  

• Natura 2000 eeliste tutvustamine – Emajõe Suursoo ja Piirissaare näidisjuhtum (2002)
  
  

• Eesti-Vene Piiriveekogude Ühiskomisjoni toetamine läbi suutlikkuse tõstmise ja soovituste väljatöötamise (2001)
  
  
• Peipsi järve valgala heitvee käitlemise strateegia (2001)
  
  
• Narva jõe valgala uuringuprogramm (2000)
  
  
• Peipsi järve keskkonnaseire projekt (1999)
  
  
• Rahvusvaheliste järvede haldamine ja säästev areng (1999)

Üldsuse kaasamine veemajandusse

• TRABANT - Rahvusvahelise Läänemere võrgustiku idapoolne valgala (2005-2007)
  
  
• Uuring üldsuse kaasamise meetoditest - River Dialogue (2002- 2004)
  
  
• Balti riikide veekogude säästlik majandamine ja piiriülene koostöö. Üldsuse kaasamine veemajanduskavade ettevalmistamisel ja elluviimisel (2002 - 2003)
  
  
• Peipsi piirkonna elanike teavitamine ja kaasamine veemajandust puudutavate küsimuste lahendamiss (2002)
  
  
• Strateegiad üldsuse kaasamiseks piiriveekogude haldamisse üleminekuriikides - Ohridi ja Peipsi järve näited (2001)
  
  
• Euroopa Liidu veeraamdirektiivi rakendamine Eestis ja avalikkuse osalemine selles protsessis (2001)